Ich glaube, ich habe das Problem gefunden. Die Mails waren generell erstmal nicht "weg", sondern wohl nur verschoben. Wenn man zB. "a" drückt, wird die Mail ins Archiv geschoben oder bei einer anderen Taste in den lokalen Papierkorb. Nun will der Betroffene eine Mail an eine Adresse weiterleiten, die mit "a" beginnt und er wartet nicht, bis das Weiterleitenfenster sich öffnet und fängt schon an die Mail-Adresse zu schreiben und zack ist die Mail wie von Zauberhand aus dem Posteingang/Ordner verschwunden. Mir ist das nicht gleich aufgefallen, da die Mail-Ordner bei manchen recht groß und verzweigt sind. Ich behalte das weiter im Auge, konnte aber die betroffenen Mails bis jetzt wiederfinden (von denen, die noch wussten, um was für eine Mail es sicht handelte).
Danke für eure Vorschläge/Hilfe.