Oh, das ist mir jetzt peinlich, aber ich erzähle trotzdem, wie sich das Problem gelöst hat.
Das Problem war ein Programm namens TimeFreeze, mit dem man suspekte Programme sicher ausprobieren kann.
Das Programm stellt nach einem Neustart des Rechners wieder den Systemzustand vor Programmaufruf her.
Praktisch, eigentlich.
Man sollte es aber nicht automatisch bei jedem Systemstart hochfahren. Jedenfalls scheint es den Profilordner von Thunderbird (oder AppData/Roaming?) als relevanten Systemordner zu begreifen und hat ihn brav nach jedem Neustart wieder hergestellt.
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