Hallo Stefan,
mMn brauchst Du die .msf-Datein gar nicht. Die werden von Thunderbird neu erstellt, sobald eine mbox-Datei keine korrespondierende .msf-Datei dabei hat.
Du kannst das so angehen, wie ggbsde es vorschlägt. Für sehr viele Dateien würde sich das vermutlich lohnen.
Wenn es nur wenige mbox-Dateien sind, könntest Du auch einfach die Dateien jeweils einzeln nehmen, bei beendetem Thunderbird im Verzeichnis ..\Mail\Local Folders mit einem geeigneten kurzen prägnanten Namen implantieren. Beim nächsten Start wird Thunderbird unter 'Lokale Ordner' einen Unterorder mit diesem Namen ausweisen und die darin enthaltenen Mails zugänglich machen. Ab da kann man den Ordner umbenennen / als Ganzes verschieben oder die Mails in dem Ordner an einen anderen Ort kopieren / verschieben.
Schwieriger wird es, wenn Du in Thunderbird eine ausschweifende Ordnerstruktur mit Unter- und Unter-Unter-Ordnern aufgebaut hattest. Das wird dann viel Handarbeit.
Gruß
Sehvornix