Eigentlich genügt es, die addonStartup.json.lz4 einmalig zu löschen. Mit der dann von Thunderbird neu aufgebauten Datei sollte es das Verhalten nicht mehr geben. Kein Grund also, die jedes Mal vor dem Start des portablen Thunderbird erneut zu löschen. Hast Du es denn mal ausprobiert, die stehen zu lassen?
Gruß
Sehvornix