Ich nutze grundsätzlich einen portablen selbst erstellten Thunderbird und dieser ist in einem TrueCrypt/VeraCrypt Container.
Wie man den portablen TB erstellt ist ganz einfach und hier https://mozhelp.ddnss.de/dateien/ beschrieben.
Man muss das ganze auch nur einmalig machen, da auch die portable Version upgedatet wird Hilfe-->Über Thunderbird.
In den Profilordner kannst du die Dateien deines alten Profils einfach rein packen.
Eine Verknüpfung zum Thunderbird-Loader kannst du ja zb. auf dem Desktop anlegen für schnelleren Zugriff.
Ich denke das wäre die sauberste Lösung anstatt irgend etwas in %appdata% zu verschlüsseln.