Hurra! Es hat funktioniert!
Ich habe alles zusammengepackt - Ordner, sqlite Dateien etc aber ohne die Maildaten, unter ~/.thunderbird/name entpackt. Danach mit thunderbird -p ein neues Profil erstellt, den Ordner name dabei selektiert und schwups waren alle Konten da. Genau das was ich gesucht hab. Dabei komme ich mit 1,5MB Sicherungsdatei aus.