Das klingt ehrlich gesagt weniger nach einem klassischen Thunderbird-Problem, sondern eher nach einem serverseitigen „Mischen“ der IMAP-Strukturen oder einer fehlerhaften UID-Zuordnung zwischen den Konten.
Wenn Mails wirklich im Webinterface im anderen Konto auftauchen, dann ist Thunderbird nur der Auslöser beim Sync, aber nicht die Ursache. Besonders verdächtig ist die Kombination aus eigenem Vereinsserver + ActiveSync-Bridge, da solche Gateways manchmal UIDs oder Message-IDs falsch mappen und dann beim Abgleich „Verschiebungen“ erzeugen.
Ich würde als erstes testen:
– ein Konto komplett ohne ActiveSync-Client, nur reines IMAP
– prüfen, ob auf dem Server irgendwelche serverseitigen Filter/Rules aktiv sind
– und ggf. IMAP-UID-Validity vergleichen, ob die sich bei beiden Konten verändert
Wenn das nur bei genau dieser Kombination passiert, liegt es sehr wahrscheinlich nicht an Thunderbird selbst, sondern an der Synchronisationsschicht dazwischen.