Hallo zusammen, ich würde hier eher nicht an einen einmaligen Thunderbird-Bug denken, sondern eher an einen wiederkehrenden Eingriff von außen oder ein Profilproblem.
Wenn die logins.json wiederholt leer ist, spricht das eher für Sicherheitssoftware (Quarantäne/Zurücksetzen der Datei) oder für ein beschädigtes Dateisystem bzw. ein Problem mit dem Profil auf der Datenplatte, besonders wenn es auf einer separaten Festplatte liegt.
Ich würde Avira testweise komplett entfernen und nur mit dem Windows Defender arbeiten sowie den kompletten Profilordner von der Echtzeitüberwachung ausschließen. Zusätzlich ein neues Testprofil anlegen: bleiben dort die Passwörter stabil, ist das alte Profil sehr wahrscheinlich beschädigt; tritt der Fehler erneut auf, würde ich eher Richtung Datenträger/AV-Logs (SMART-Werte, Ereignisanzeige) schauen.