Hallo Sandra,
und willkommen im Forum!
Also ich finde es ja "supertoll", dass du als Laie eurem "EDV-Mann" die Arbeit abnimmst. Dabei passieren nämlich all die Sachen, die jetzt bei dir passiert sind. Gerade in einer produktiv betriebenen Firmenumgebung würde ich einem Lain dringlich empfehlen, davon die Finger zu lassen - oder zumindest eine Fachkraft zur Unterstützung nutzen.
Andererseits finde ich auch die Empfehlungen eures "Fachmannes" "supertoll", der euch ein anderes Mailprogramm verkaufen will. Als IT-Fachmann müsste er eigentlich wissen, wie ein als IMAP-Client eingerichteter Mailclient funktioniert, und dass man durch einen Wechsel bestimmte Fehlkonfigurationen nicht umgehen kann.
Aber jetzt musst du da durch.
Zuerst einmal empfehle ich dir dringlich, dich mit den Grundlagen von IMAP zu befassen. Du musst wissen, wie IMAP funktioniert, dass also der IMAP-Client nichts andereds ist, als eine komfortable Fernbedienung des auf dem Mailserver vorhandenen Mailkontos. Dir sollte auch klar sein, dass alle beteiligten Mailclients prinzipiell das gleiche Recht haben, neue Mails zu schreiben, aber auch Mails zu löschen und zu verschieben und auch jeder für sich dafür entsprechende Filter anlegen kann. Und wenn ein einziger Mitarbeiter eine Mail löscht oder verschiebt, dann sehen automatisch alle anderen Mitarbeiter das Ergebnis.
Also informiere dich gründlich in unserer Anleitung, aber auch bei Wikipedia oder überhaupt mit deiner Suchmaschine des geringsten Misstrauens.
Das Entfernen der angelegten Unterordner sehe ich als einen großer Fehler an.
Genau so wie es in einem gut geführten Büro ganze Schränke mit Ordnern gibt, so gibt es in einem durchdacht angelegten Mailkonto ebenfalls eine sauber geführte Ordnerhirarchie. Diese solltest du aber nicht adhoc live mit einem Client (und damit auf dem Mailserver) anlegen, sondern zuerst einmal nach althergebrachter Art auf einem Stück Papier. Dann erst einmal im Team darüber beraten (tut auch einem Chef ganz gut!). Und erst dann einrichten.
Gleiches trifft auch für unbedingt anzulegende Filter zu. Hier müssen ganz klare Regeln verfasst werden, wer in der Firma welche Mails wann und mit welchen Filtern verschieben darf. Und vor allem, wer auf den Clients überhaupt Filter einrichten darf. Ich habe nämlich die Vermutung, dass dieses ungewollte Verschieben der Mails auf ein unauthorisiert eingerichtetes Filter zurückzuführen ist! => Also alle Clients daraufhin untersuchen!
Dann solltest du wissen, dass der Posteingang immer schon leer zu halten ist, also nur die noch ungelesenen/unbearbeiteten Mails enthalten sollte. Alles andere ist, wie in dem erwähnten ordentlich geführten Büro, in entsprechende Ordner abzulegen.
Auch Hinweise wie maximale Ordnergrößen und über notwendige Pflegemaßnahmen (=> Komprimieren) findest du in unserer Anleitung.
Wichtig ist auch zu wissen, wie du alle auf dem Server vorhandenen Mails anzeigen und auch abwählen kannst (Datei >> Abonnieren). Dabei wirst du auch sehen, dass auf dem Server mitunter andere Bezeichnungen für die Ordner genutzt werden (INBOX <=> Posteingang oder TRASH <=> Papierkorb.) Du solltest dir zuerst einmal alle Ordner anzeigen lassen, und nicht benötigte dann abwählen.
Was die (gerade für berufliche Nutzung unbedingt erforderliche und gesetzlich vorgeschriebene!) Sicherung betrifft, kannst du hier nachlesen: Re: [imap+lokal] Suche ideales System für Archivierung.
Soweit erst einmal.
MfG Peter