Hallo Andre´,
und willkommen im Forum!
Und vielen Dank für die ausgezeichnete Beschreibung. Wenn das mal alle so machen würden.
Zuerst einmal: seit gefühlten Dutzenden von Beiträgen schreibe ich "zuerst kopieren und dann an der Quelle löschen". Warum wohl ...?
Bei deiner Beschreibung vermute ich ein Problem mit einer defekten Indexdatei. Hast du diese schon mal "repariert" (Mailordner > Kontextmenue) oder mit der rabiaten Methode bei beendetem Thunderbird einfach gelöscht? Beim nächsten Start und bei jedem Betreten eines Ordners dauert es dann ein wenig, bis neu indiziert ist.
Wie groß sind denn deine mbox-Dateien (falls du sinnfreierweise die für stationär betriebene Rechner unnütze Option des "Lokalen Bereithaltens ..." aktiviert hast)? Dein Posteingang ist auch immer schön leer und die Mails befinden sich in Unterordnern?
MfG Peter