Ich konstatiere, dass du jetzt erst einmal ein funktionierendes Profil zur Verfügung hast.
Die E-Mails befinden sich in den endungslosen mbox-Dateien in all den Profilruinen, welche du auf deinem PC finden kannst. Dabei kann ich dir kaum helfen ... .
Also in diesen Profilen (zum Bsp. mit der Suchfunktion der WinDOSe) nach Dateinamen wie "INBOX" oder "SENT" oder den ja hoffentlich bekannten Namen der von dir angelegten zusätzlichen Mailordner (= mbox-Dateien) suchen lassen.
Bei beendetem (!) Thunderbird eine dieser Dateien nach der anderen (bitte einzeln, damit nichts überschrieben wird) in deinem aktiven Profil nach ...\Mail\Local Folders kopieren. TB starten. Jetzt kannst du unter den Lokalen Odnern neue "Mailordner" finden und deren Inhalt sehen.
Wenn du Glück hast, findest du in den vorhandenen mbox-Dateien die gesuchten Mails. Diese kannst du dann in das jeweilige Konto und dort angelegte Ordner verschieben. Wenn du nichts mehr findest ...
... dann weißt du spätestens jetzt, warum verantwortungsbewusste User täglich ihre Daten sichern.
MfG Peter