Hallo Hans,
und willkommen im Forum!
Derartige "Effekte" treten gern als Folge defekter Indexdateien auf. (Indexdatei = nichts anderes, als das "Inhaltsverzeichnis" der mbox-Datei, Dateiname = <name_der_mbox>.msf)
Da du ja bereits eine Sicherung gemacht hast, kannst du jetzt mit dem Dateimanager deines Betriebssystems in deinem TB-Userprofil nach diesen Dateien suchen, und diese allesamt löschen. Beim nächsten Start des Thunderbird werden alle mbox-Dateien neu indiziert, was ein Weilchen dauern kann, und danach sind die Probleme zumeinst beseitigt.
Man kann das natürlich auch über das Kontextmenue > Eigenschaften > Reparieren versuchen, ich bin aber ein Anhänger der von mir beschriebenen Methode.
Ist das Problem damit aber nicht gelöst, dann gehe ich davon aus (was soll es sonst anderes sein ...), dass die Inhalte der Mails wirklich nicht mehr in den mbox-Dateien stehen. Warum auch immer ... .
Das einzigste, was du jetzt machen kannst ist, die betreffenden mbox-Dateien mit einem guten Texteditor (kein Office-Programm, und nicht speichern!) zu öffnen und "hineinzusehen". Der gesamte Inhalt der Datei muss aus darstellbaren ASCII-Zeichen bestehen (also kein "binärer Müll"). Durch die Suchfunktion kannst du nach bestimmten Schlagwörtern in den "verschwundenen" Mailinhalten suchen. Wenn du Glück hast, sind die Mails noch zu sehen. Wenn nicht ...
... bleibt dir dann nur, die letzte deiner regelmäßigen Datensicherungen (die von gestern?) zurückzuspielen.
Denn du weißt ja: ungesicherten Daten sind unwichtige Daten!
MfG Peter