Hallo Tiegerente! (<= Ja, so viel Zeit nehmen wir uns hier ... .)
Das wichtigste ist, dass du eines immer beachtest:
Niemals das TB-Userprofil "zerreißen", sondern immer das komplette Profil (so wie ich es beschrieben habe) auf die Datenpartition verlegen und durch die profiles.ini auf diesen Pfad verweisen.
Alles andere ("Ich habe bei jedem Mailkonto seperat festgelegt, wo die Mails gespeichert werden sollen") ist Pfusch, und es wird sich wohl niemand darauf einlassen, hier mit dir einen Reparaturversuch zu starten.
Deshalb versuche, deine Bastelei wieder rückgängig zu machen und dann so wie beschrieben zu verfahren.
Die (verbastelten) IMAP-Konten kannst du im TB löschen und einfach neu (und dann korrekt!) anlegen. So lange der Client keine Löschaufforderungen an den IMAP-Server sendet, bleiben die Mails dort auch erhalten. Aus dem Löschen eines kompletten Kontos auf dem Client erfolgt keine derartige Löschaufforderung.
Und dann darf ich ja auch davon ausgehen, dass du dir von allen deinen Mails (komplettes TB-Userprofil und dort ein lokales Backup der Mails vom IMAP-Server) immer eine Sicherheitskopie angefertigt hast, oder?
Mit den bei uns durchaus und immer noch üblichen "Freundlichen Grüßen"!
Peter