Hallo und willkommen im Thunderbird-Forum, Chris!
Es handelt sich ja wohl um IMAP?
Offline verfügbar machen heißt, die Mails des Kontos werden vom Server geladen und abgelegt. Aber: das Konto und die Mails werden trotzdem mit dem Server abgeglichen und wenn du auf dem Server oder in TB eine der Mails löschst, wird das dem jeweils anderen bei der nächsten Verbindung mitgeteilt... und somit sind die Mails natürlich für TB als gelöscht zu betrachten gewesen.
Wenn du noch nicht komprimiert hast, kannst du im Profilordner in ..imapmail\%Kontenordner% nach den Dateien ohne Endung sehen und wenn die größer als o KB sind, sie mit einem Editor öffnen: Mails drin> Datei sichern unter anderem Namen außerhalb des Profils und dann wieder melden.
