Mailunterordner nach Update auf 5.0 weg

Ich musste mein Windows 7 64 neu installieren und habe auch Thunderbird 5.0 installiert. Das Profil habe ich aus einer vorherigen Installation (auch Win 7, Thunderbird 3.1.x) übernommen, d. h. den Profiles-Ordner kopiert. Das klappt soweit auch gut, alle Kontakte, POP3-Konten, E-Mailordner wurden übernommen und ich kann E-Mails schreiben und senden.
Leider verschwinden aber dann die Mails in den Mailunterordnern (ich habe z. B. E-Mailausgänge in verschiedenen Jahresorndern gespreichert, z.B.
Verchickt 2011
---Verschickt2010
---Verschickt 2009
etc.

Wenn ich diese älteren Mailordner anklicke, sind die enthaltenen Mails verschwunden und die entsprechenden Dateien im Profilordner zeigen nur noch 0 kb.
Da nützt auch kein Reparieren.
Das gleiche Phänomen hatte ich schon unter der vorherigen Win7-Installation, auch da verschwanden nach dem Update von Thunderbird 3.1x auf 5.0 die Mails aus den Ordnern. Das hatte ich noch auf eine zerschossene Win7-Installation zurückgeführt. Der gleiche Fehler aber auf einem neuen Win7-System deutet draufhin, dass das Update von 3.1.x auf 5.0 bei bestehendem Profil nicht ohne Risiko ist oder schlicht nicht funktioniert.
Ich habe natürlich auch im Internet gesucht und gesehen, dass dieser Fehler auch bei anderen auftrat. Eine Lösung habe ich aber nicht gefunden.
Ich verwende jetzt wieder die alte 3.1.x-version - die funktioniert wenigstens. Datensicherung war ja selbstverständlich vorhanden.

Hat jemand eine Erklärung für das geschilderte Problem?

Der Gesendet-ordner und der Posteingangsornder enthalten auch nur die Mails der letzten Tage. Alles andere ist in weiteren Ordnern bzw. deren Unterordnern.
Mit Thunderbird 3.1.x hatte ich nie Probleme mit großen Ordnern, auch wenn die größer als 1 Gb waren.
Ich hätte ja erwartet, dass die neue Version vollständig kompatibel zu den Vorversionen wäre und bestehende Profile übernehmen könnte. Nicht kompatible Addons sollte 5.0 doch erkennen können.

Ich werde mal spaßeshalber in der Thunderbird 3.1.x-Installation alle Addons deinstallieren und sehen, ob Thunderbird 5.0 "das dann frisst". Dazu dann mehr.

So, ich habe nun aus der ursprünglichen Thunderbird 3.1.x-Installation alle Addons entfernt, neu gestartet und danach den Profilordner in das neue Win 7 64-System übertragen und dort Thunderbird 5.0 installiert - ohne irgendwelche Addons. Leider kann Thunderbird nach wie vor die größeren Mailunterordner nicht verwalten, eine Zeitlang sind die Mails noch da und dann irgendwann völlig verschwunden.

Ich habe wiederholt die entsprechenden Ordner in das neue Profil kopiert, der Fehler bzw. das Problem tritt immer wieder auf. Dabei ist es egal, ob ich die msf-Dateien mit kopiere, diese in Thunderbird 5.0 erstellen lasse oder die Ordner dort "repariere".
Für mich bleibt als Fazit, dass Thunderbird 5.0 für das Verwalten größerer E-Mail-Ordner nicht geegnet ist oder zumindest ein Update von 3.1.x nach 5.0 nicht problemlos möglich ist, wenn man nicht alle Konto-Einträge, Einstelungen etc. neu machen will bzw. einfach ein altes Profil mit bestehenden E-Mail-Unterordnern behalten will.

Das Aufteilen der vorhandenen Ordner macht das Arbeiten nicht komfortabler. Vielleicht meinst Du aber auch, dass ich das nur temporär für den Importvorgang machen soll, um sie später wieder in 5.0 zusammenzufügen. Ist mir nun zuviel Aufwand mit unsicherem Ergebnis. Ich weiß auch nicht, ob die Größe der Ordner überhaupt eine Ursache des Problems ist, denn auch kleinere Ordner waren vom Verschwinden ins Nichts betroffen. Ich traue der neuen Version 5.0 nicht mehr und bleibe bei 3.1.2 -- da weiß ich, was ich habe.
Trotzdem Dank für deine Mühen!