So, Erfolgsmeldung! Ich hab die Ordner inbox, drafts, und sent umbenannt - dadurch wurden sie zu ganz normalen Ordnern und dann hab ich sie im TB löschen können. Vermutlich hätte das direkte Löschen der Dateien auch geklappt.
rum, mrb: Ich vermute, wenn diese Ordner in den Einstellungen referenziert werden, kann man sie wohl nicht löschen. Werden sie nicht referenziert, dann geht das aber.
Installiert man Thunderbird frisch und legt nur ein IMAP-Konto an, dann tauchen inbox, drafts, und sent ja auch gar nicht unterhalb des Lokalen Ordners auf. Das ist bei mir offensichtlich nur dadurch passiert, dass ich zuerst ein POP-Konto hatte, dann ein IMAP-Konto angelegt habe und dann das POP-Konto gelöscht habe.
Meiner Meinung nach ist das sogar eine Unschönheit in der Thunderbird-Programmierung. Wenn nur noch ein IMAP-Konto und kein POP-Konto vorhanden ist, so sollte man inbox, drafts, und sent unterhalb des Lokalen Ordners auch aus dem TB heraus löschen können. TB meint dann aber immer noch, dass das wichtige Systemordner seien und lässt sie nicht löschen, was unschön ist.
Leitet das doch mal an die Programmierer weiter. 
Also meine Probleme sind damit gelöst. Aber ihr dürft gerne noch weiterdiskutieren. 
Vielen Dank für eure gute Hilfestellung!
