Es hat sich gezeigt, dass der Fehler nicht bei Enigmail lag. Vielmehr war wohl der Profilordner nicht mehr in Ordnung. Er wurde vor 2012 mit dem Umstieg von Evolution auf Thunderbird eingerichtet und stets durch die ganzen Updates mitgeschleppt.
Eine Neuinstallation mit neuen Profilordner war die Lösung.
Es wäre wünschenswert, wenn der Einrichtungsassistent zuallererst das Mailformat (mbox oder maildir) abfragen würde, weil es nach der Kontoeinrichtung nicht mehr ohne Aufwand für den Bestand zu ändern ist.