Meine Frage zielte darauf ab, ob jetzt halt erstmal wieder "alles" funktioniert, wo Du das Passwort korrekt gespeichert hast.
Ich bin aber gerade durch Zufall seit langem mal wieder darauf aufmerksam geworden, was der Grund für Dein Problem sein könnte (auch wenn dies keine Entschuldigung für das Problem ist): Thunderbird fragt nach fehlenden (und falsche sind für ihn quasi fehlende) Passwörtern nur, wenn man explizit das jeweilige Konto abruft. Wenn man immer nur "alle Konten abruft" (gilt auch für den Programmstart), dann fragt er standardmäßig eben nicht nach den fehlenden Passwörtern.
Wenn ich bei dieser Sache gedanklich nichts durcheinander bringe, dann war dies einer der Gründe und Vorteile meines Add-ons "Abrufen/Senden-Schaltfläche", wo ich das Problem zumindest für den Klick auf "Abrufen" als Option behoben hatte: