Du musst Dir bezüglich IMAP bewusst machen, dass die lokalen Kopien der Mails innerhalb des IMAP-Kontos eigentlich nur ein Cache sind. Sobald das IMAP-Konto bzw. diese Ordner aus Versehen einmal synchronisiert werden, sind diese lokalen Kopien gelöscht. So schnell kannst Du gar nicht schauen und "kapieren" was passiert.
Man kann dazu alle möglichen Ideen und Konzepte "entwickeln", die bestimmt auch funktionieren könn(t)en. Wenn Deine IMAP-Konten mit dem moderneren Maildir-Format auf dem Datenträger gespeichert werden, dann würde jede Mail als einzelne *.eml-Datei als quasi Cache gespeichert werden. Wenn man vom Profilordner regelmäßig Backups erstellen lässt, wären diese *.eml-Dateien ja durchaus sicher aufgehoben, um bei dem "IMAP-Synchronisierungs-GAU" dann anschließend doch wieder (fast) alles herstellen zu können. Dennoch würde ich eher die Archive im lokalen Konto erstellen lassen und davon (bzw. vom ganzen Profil) dann auch regelmäßig Backups machen lassen