Ich habe mir jetzt gerade mal auf die Schnelle den Code angesehen. Das Add-on macht letztlich überhaupt nichts selbst mit den Mails. Es aktiviert (zumindest solange installiert) lediglich den Menüpunkt:
Ansicht → Nachrichteninhalt → Alle Teile des Inhalts
Wenn man das Add-on deinstalliert, wird der Menüpunkt vermutlich wieder entfernt. Ich könnte mir vorstellen, dass die mit diesem Menüpunkt gewählte Einstellung dennoch erhalten bleibt, bis man in dem Menü wieder eine andere Einstellung wählt (bspw: "Vereinfachtes HTML"). Die Einstellung und "Auswirkung" des (im Regelfall versteckten) Menüpunkts ist ja grundlegend in Thunderbird vorhanden (also keine eigene Funktion des Add-ons).
Im Prinzip braucht man also nichts weiter zu machen, als wieder eine andere Option in dem genannten Menü zu aktivieren. Meines Erachtens kann es dann keine weiteren nachträglichen Auswirkungen des Add-ons geben.