Hallo,
Du bist ein typisches Opfer der halbjährlichen Windows-10-Updates.
Beim nächsten mal also vorher ein Backup bspw. des (versteckten) Ordners C:\Users\%Username%\AppData\Roaming machen. Dort sind unter Windows standardmäßig nahezu alle Einstellungen und Daten Deiner Programme drin (aber nicht alle). Dort drin (in "Roaming") ist auch ein Ordner "Thunderbird", in dem wirklich alle Einstellungen und Profildaten und Mails drin sind, wenn Du am Standard in Thunderbird nichts verändert hast. Diesen "Thunderbird"-Ordner müsste man im neuen System nur wieder an die passende Stelle legen und alles wäre gut.
Die halbjährlichen Windows-10-Updates installieren das neue System im Prinzip als eine Kopie parallel zum noch laufenden System. Zum Abschluss wird dann von alten zum neuen System gewechselt und der alte Ordner als "..-old" bezeichnet. Warum dabei immer wieder mal ein Teil der Benutzerdaten verloren geht ist mir eigentlich ein Rätsel, aber es die nervige Realität. Das einzige was ich (außer Backups) vorbeugend mache (und bisher verschont geblieben bin) ist, dass ich beim Update wirklich dafür sorge, dass keine Programme geöffnet sind.
Systemwiederherstellung ist meiner Erfahrung nach das schrecklichste was man machen kann, wenn es nicht direkt um Windows-Anteile bei den Fehlfunktionen geht.