Hallo,
man kann pro Konto in Thunderbird den Speicherort anpassen. Dazu geht man in Extras > Konten-Einstellungen > Server-Einstellungen (pro Konto) > Lokaler Ordner: (ganz unten). Meiner Meinung nach sind da aber Probleme vorprogrammiert, da man unter Garantie in Zukunft irgendwann vergisst, wo überall Fragmente des Profils verteilt sind. Ich würde es nicht machen.
Wenn Du Mut hast, dann nutze statt dessen in Zukunft das Maildir-Format mit einem (wieder) neu angelegten Konto in Thunderbird. Wenn ich nicht irre sollten dadurch die Schreibvorgänge reduziert werden, da das ständige Neuschreiben und notwendige regelmäßige Komprimieren der Mailbox-Dateien wegfällt. Mach das aber bitte nur, wenn Du schon beim Lesen dieser Zeilen verstehst, was ich gerade gesagt habe - sonst lieber nicht.