1.) Untersuche doch bitte mal, ob es sich tatsächlich um die identische thunderbird.exe handelt (Dateipfad zur *.exe), oder ob es separate Installationen der Software sind. Für mich sieht es spontan so aus, dass Du zwei Installationen hast.
2.) Im Profil-Manager kann man prinzipiell anwählen, dass ein gewünschtes Profil genutzt werden soll, ohne den Profil-Manager jedes mal öffnen zu müssen. Dies muss man allerdings pro Installation jeweils machen, was nicht ganz offensichtlich ist. Im Zweifelsfall musst Du halt dafür sorgen, dass die "passende" / gewollte thunderbird.exe mal mit dem Profil-Manager gestartet wird.