Das Profil und die Mail-Dateien liegen auf einem Netzlaufwerk (Synology NAS) mit 500 GB freiem Platz.
Als erste Maßnahme solltest Du testweise ein Profil komplett lokal auf einem PC (ohne NAS!) erstellen. Ich wette, dass die Probleme dann weg sind. Falls sie dennoch noch vorhanden sind, mache Dir vorsichtshalber bewusst, dass Thunderbird überhaupt nicht damit klar kommt, wenn irgend eine gerade notwendige Datei im Profil nicht erreichbar ist. Dann wird nämlich sofort eine leere neue Datei erstellt. Dabei können von einzelnen Mails über ganze Mail-Ordner bis hin zum Totalverlust des Profils auftreten.