Waren die Passwörter vorher in der älteren Thunderbird-Version dauerhaft gespeichert?
Kontrolliere bitte mal folgende versteckte Einstellung mit dem [lexicon='Konfig-Editor',''][/lexicon]: signon.rememberSignons Das muss auf true stehen.
Hast Du irgendwelche Sicherheits-Programme installiert? Hast Du "Säuberungs-Tools" benutzt (CCleaner oder ähnliches)?