Hallo calim,
Du kannst in Thunderbird in den Konten-Einstellungen den Haken bei "Nur die Kopfzeilen herunterladen" entfernen und dann TB beenden und im Profilverzeichnis im Ordner mail/pop* (Dein Kontenname) die Datei popstate.dat löschen.
Beim nächsten Abruf wird TB alle (!) Mails des Kontos neu laden, allerdings liegen sie dann doppelt vor. Ich würde deshalb davor einfach einen Ordner in TB erstellen und alle Mails aus der Inbox des Kontos da rein verschieben, so dass die inbox leer ist.
Wenn alles geklappt hat, kannst Du den Ordner ja löschen.
BTW: Die Mails grundsätzlich nicht im Posteingang lassen, sondern in Unterordner verteilen hat was. Die Inbox ist nämlich der gefährdetste Bereich.