Wie gesagt, die kopierten Profile sind zwar auf dem neuem PC, aber an einer unüblichen Stelle. Ich nehme die nachher mal runter, kann mir aber nicht vorstellen, dass beim ersten Neustart nach Installation erstmal die Festplatte komplett auf Profile durchsucht wird.
Thunderbird schaut nur nach ob Profile am Standard-Speicherort zu finden sind, aber durchsucht nicht die ganze Festplatte. Wenn Du die Profile nicht am Standard-Speicherort hast musst Du Thunderbird den Pfad zum Speicherort mitteilen. Dazu gehtst Du in die Konteneinstellungen, dann in jedem Konto zu Servereinstellungen, dann ganz unten rechts zu Nachrichtenspeicher. Dort kannst Du dann unter Lokaler Ordner den Pfad zum Speicherort angeben.