Hallo und willkommen im Forum!
Hut ab, du hast ja schon fast alle gemacht, was ich dir empfohlen hätte.
Betrifft der von dir genannte Effekt alle Ordner oder nur bestimmte?
Wie groß sind die Ordner aus denen und in die verschoben wird.
Überprüfe die Größe der betr. Ordner auf dem Datenträger:
Rechtsklick auf den Ordner, dann > Eigenschaften > Allgemein > "Größe auf Datenträger"
Dort kann man ablesen, wie groß der Ordner ist mit wie vielen Mails. Die Anzahl der Mails ist aber in diesem Fall uninteressant.
Es ist in Thunderbird nicht möglich auch nur annähernd die Ordnergröße abzuschätzen (etwa anhand der Größe und Anzahl der vorhanden Mails).
Starte Thunderbird im safe-mode: das gleiche Problem?
In TB > Hilfe > "Mit deaktivierten Add-ons neu starten" und den Button "Im abgesicherten Modus weiterarbeiten" verwenden oder Start mit gedrückter Umschalt-Taste.
Gruß