Es gibt aber noch eine
Fehlerquelle:
im gleichen Menü unter Extras > Einstellungen > Ansicht > Formatierung > Schriftarten > Erweitert suche im Falldownmenü ganz oben bei "Schriftarten für" je nach momentaner Einstellung entweder "Unicode" oder "Westlich" in beiden Fällen müssen die gleichen Schriftarten und Größen eingestellt sein.
Ist das bei dir der Fall? Thunderbird wechselt nämlich je nach Zeichenkodierung einer Mail auch die Schriftart bei HTML-Mails.
Außerdem kontrolliere die Ordner aus denen du antwortest mir Rechtsklick > Eigenschaften > Allgemein, dass das unter Kästchen keinen Haken hat. Denn dieses überschreibt die allgemeinen Einstellungen im Menü s. o.
Gruß