Hallo
1) Überprüfe die Einstellung in den Servereinstellungen, die das Löschen von Mails betreffen z.B. "Sofort entfernen"
2) Überprüfe die Größe des Papierkorbs und des Ordners, aus dem gelöscht werden soll.
Auch der Papierkorb kann randvoll sein, ohne dass du auch nur eine Mail darin siehst.
Jeder Ordner in Thunderbird kann korrupt werden, bzw. auch dessen Indexdatei .msf
Dadurch kann im schlimmsten Fall nicht mehr in den Papierkorb verschoben werden.
Überprüfe die Größe des betr. Ordners auf dem Datenträger:
Rechtsklick auf den Ordner, dann > Eigenschaften > Allgemein > "Größe auf Datenträger"
Dort kann man ablesen, wie groß der Ordner ist mit wie vielen Mails. Die Anzahl der Mails ist aber in diesem Fall uninteressant.
Es ist in Thunderbird nicht möglich auch nur annähernd die Ordnergröße abzuschätzen (etwa anhand der Größe und Anzahl der vorhanden Mails).
Gruß