Vermutlich gibt es dann in deinem Profil einen Ordner Junk.sbd, den ich bei beendetem Thunderbird einfach löschen würde (sicherheitshalber vorher ein Backup vom Profil machen). Beim nächsten Start von Thunderbird sollte er dann weg sein.
Das Profil liegt normalerweise in %appdata%\Thunderbird\Profiles\ und im Profil sind nach meiner Kenntnis die POP-Daten unter \Mail\Local Folders\. Habe POP schon seit mind. 15 Jahren nicht mehr genutzt und weiß nicht mehr so genau, wie das damals aussah.