Hallo Girlie,
ich persönlich mache beides:
Einmal Thunderbird-Ordner komplett in dafür angelegtes eigenes Verzeichnis auf externem Datenträger und einmal Thunderbird-Profilordner ebenfalls komplett in dafür angelegtes eigenes Verzeichnis auf externem Datenträger.
Gruß
Feuerdrache