Hallo,
ich habe dasselbe Problem, also bei mir werden von meinem Inbox-Mails (waren leider schon ziemlich viele, also weit über 1.000, die da gespeichert waren) auch die meisten, also bis auf ca. 300 von Anfang bis Mitte 2008, nicht mehr angezeigt.
Die entsprechende Inbox-Datei ist ca. 245 MB groß, also muss da ja noch einiges sein. Oder kann es auch sein, dass die Dateien einfach gelöscht wurden?
Indexwiederherstellung bringt kein anderes Ergebnis, und ein Öffnen mit dem normalen Texteditor oder Wordpad schlägt wegen eines Fehlers fehl. Bei meinen Anti-Virusprogrammen findet sich in der Quarantäne keine Thunderbird-Datei, soweit ich das sehen kann (Quarantäne ist sehr übersichtlich).
Es kann sein, dass ein zwischenzeitlicher Absturz bzw. abruptes Herunterfahren stattgefunden hat, seit ich das letzte Mal die Mails problemlos abrufen konnte. Genau weiß ich das allerdings nicht - habe zur Zeit größere Probleme mit meinem PC im Übrigen. 
Auch hatte ich mal per CCleaner meine Registry säubern lassen (ein Wiederherstellen der Reg-Dateien schlägt fehl), kann das eine Ursache sein? Oder war mein Ordner einfach zu voll?
Ich hoffe, es gibt noch eine Möglichkeit, was zu machen, ansonsten sind die Mails von über einem Jahr weg. 
Vielen Dank schonmal im Voraus,
isildur2