So ich müsste also Prüfen ob die Anzahl der Mails im Posteingang gleich sein.
Guter Gedanke, mach das.
Falls du im Konto auf dem PC mehr Mails hast als auf dem Server, dann empfehle ich, in dem speziellen Konto Lokale Ordner den einen oder andren Unterordner anzulegen (vorzugsweise ohne Sonderzeichen und Umlaute) und deine Mails "portionsweise" dorthin zu kopieren.
Dann könnte ich im Thunderbird das POP3 Konto löschen
Zuerst jeglichen Abruf per POP deaktivieren, also sowohl beim Start von Thunderbird als auch danach zyklisch, siehe nochmal
... die POP-Konten so umstellen, dass diese absolut keine Mails mehr abrufen.
Nun würde ich das IMAP-Konto erstellen und einige Tage verwenden.
Wenn du damit vertraut bist und alles prima läuft, dann kannst du noch immer als letzten Schritt das nun ganz, ganz sicher nicht mehr benötigte POP-Konto löschen.
Anders gesagt, etwas löschen würde ich immer erst, wenn ich GANZ sicher bin, dass ich es auch wirklich anderweitig noch verfügbar habe (oder GANZ sicher wirklich nicht mehr benötige). Bei einer Umstellung, wie du sie vorhast, würde ich also nicht zuerst löschen, sondern immer zuletzt.