um welche Inhalte geht es denn ganz konkret?
Wenn ausschließlich E-Mails, fährst du mit separaten Profilen und IMAP-Konten wahrscheinlich besser.
Wenn Kalender und/oder Kontakte (Adressbücher) im Spiel sind, dann diese möglichst irgendwo zentral ablegen (CalDAV-Server bzw. CardDAV-Server) und du kommst wiederum mit dedizierten Profilen gut zurecht.
Ich hab so eine Lösung und mit verschiedenen Clients (TB auf zwei Notebooks sowie iPad sowie Android-Smartphone (K9-Mail) denselben Stand, ebenso mit Thunderbird auf aktuell drei virtuellen Linux-Systemen.
Kann ich den Profilordner in einen gemeinsam genutzten Ordner legen
Auch ich rate ab: intern im Profil sind hier und da Pfade gespeichert und deren Syntax ist halt unter LInux und Windows unterschiedlich.
Du kannst aber das Kopieren erstmal testen, ob es mit kopiertem Profil überhaupt sauber läuft oder ob es bereits dabei hakt, selbst wenn noch je ein eigenes Profil verwendet wird.