Wenn ich den neuen noch "nackig" habe, stelle ich in dein Eigenschaften maildir als globale Einstellung ein und erst dann baue ich das alte Profil ein... dann müsste das doch so werden, wie ich es haben will (und bis jetzt habe)?
Da u.a. auch Einstellung des Speicherformats in den Einstellungen enthalten sein müsste, würde das Kopieren des alten Profiles in das neue auch deine vorher vorgenommene Änderung zu maildir überschreiben und die kopierte Einstellung mbox wie auch die mbox-Ordner würden mit kopiert.