Hallo,
betrifft das Problem der Duplikate nur ein Postfach oder mehrere?
Bei den betroffenen Postfächern handelt es sich um POP- oder IMAP-konten?
Nach deinem Screenshot zu urteilen werden die Trash-1 Ordner im Papierkorb angelegt. Oder hast du sie dahin verschoben?
Wie groß ist dein Profilordner von Thunderbird?
Zu finden über Hilfe > Informationen zur Fehlerbehebung > Profilordner > Ordner öffnen ....
Hast das automatische Komprimieren der Ordner in Thunderbird aktiviert (Einstellungen > Allgemein > Speicherplatz > Haken entfernt bei "Vor dem Konprimieren nachfragen")