Gibt es da irgendwo was einzustellen, wie lange gespeichert wird ?
{In Ergänzung zur Antwort von Feuerdrache}
auch in Thunderbird gibt es Einstellungen für die Speicherdauer (s. screen shots):
1) global für ein IMAP-Konto in den Konten-Einstellungen > Synchronisation & Speicherplatz.
2) individuell für einen bestimmten Ordner über den R-Klick (auf den Ordner) > Eigenschaften > Speicherplatz.
Diese solltest du auch überprüfen.
Waren die Nachrichten nach Kalenderjahren in Unterordnern "2015", "2014", "2013", ... etc des Archivs gespeichert?
Sind auch diese Unterordner verschwunden oder sind sie noch vorhanden, aber leer?
Hast du im Webmail von T-online überprüft, ob die Nachrichten auch dort verschwunden sind?