Dann werde ich wohl auf neue Updates warten und hoffen müssen. Denn das Ganze begann ja überhaupt erst mit dem vorletzten Update – davor hat es sehr gut und ganz normal funktioniert.
Ich habe inzwischen nochmal in mehreren TB-Profilen getestet, indem ich mehrfach zwischen der Anzeige der neuen und der ungelesenen Nachrichten gewechselt habe.
Ich kann dein Problem nicht reproduzieren, allerdings benutze ich noch Mavericks (OS X 10.9).
Der einzige Unterschied, den ich zwischen der aktuellen und früheren TB-Versionen feststellen konnte, ist der, dass in der aktuellen Version die Gesamtzahl der ungelesenen Nachrichten der Posteingänge aller Konten angezeigt wird, während in früheren Versionen die Gesamtzahl der ungelesenen Nachrichten sämtlicher Ordner aller Konten angezeigt wurde.
Das könnte allerdings das Resultat des Bugfixes vom letzten Jahr sein in Bug 601263 "Add options for Thunderbird Mac dock icon."
Hast du denn schon getestet, nachdem du alle Erweiterungen und/oder ein Dritt-Thema deaktiviert hast, sofern du überhaupt welche installiert hast?
Am einfachsten lässt sich das durchführen, indem du die Alt (Option) Taste drückst beim Start von TB.
Dabei wird auch die Hardware-Beschleunigung deaktiviert, die als Ursache in Frage kommen könnte.
Gruß