Diese Größe des Posteingangs dürfte nicht die Ursache des Problems sein.
Versuche zunächst noch Folgendes:
Zeige den Profilordner an über Hilfe -> Infos zur Fehlerbehebung -> Profilordner -> "Im Finder anzeigen" und beende TB.
Gehe zum Ordner /Mail/Local Folders/ und lösche die Datei "Inbox.msf".
Starte TB und überprüfe, ob im Posteingang alle Nachrichten angezeigt werden.
Falls das nicht hilft, solltest du mal die Datei "Inbox" mit "TextEdit.app" öffnen und nach einigen der verschwundenen Nachrichten suchen.
Wenn du keine findest, bleibt zumindest noch die Möglichkeit, aus einem Time Machine Backup, das vor Auftreten des Problems gemacht wurde, die Datei "Inbox" zu kopieren und bei beendetem TB im Profilordner in "Local Folders" einzusetzen, nachdem du dort die Datei "Inbox.msf" gelöscht und die Datei "Inbox" verschoben hast.
Es wäre auch noch wichtig zu wissen, ob du zufällig in den Konten-Einstellungen der POP-Konten -> Server-Einstellungen -> "Nachrichten auf dem Server belassen" aktiviert hast.