Hallo thunder7,
hast du schon versucht, die neuen Mails, die nicht im Posteingang angezeigt werden, über die TB-eigene Suchfunktion zu finden anstatt die Suchfunktion von Spotlight zu benutzen?
Lasse die Suchergebnisse als Liste anzeigen, und im neuen Tab mit der Liste aktiviere den "Ablageort", um heraus zu finden, in welchem Ordner sich die Mails befinden.
Da du eine dieser Mails im Thunderbird-Cache gefunden hast, sollte sie auch in der entsprechenden Datei INBOX-1 enthalten sein.
Der Dateiname INBOX-1 deutet darauf hin, dass du möglicherweise zwei Posteingänge hast.
Das solltest du im Konten/Ordner-Baum im TB-Hauptfenster überprüfen wie auch im Profilordner, den du im Finder über diesen Pfad findest:
Users/username/Library/Thunderbird/Profiles/xxxxxxxx.default/ImapMail/imap.1und1.de/
Die User-Library öffnen unter Mac OS X > 10.6: das Menü "Gehe zu" aufklappen und auf die Alt-Taste drücken, dann "Library" wählen.
Gruß