Ich habe allerdings eine Feststellung gemacht: Das Verhalten tritt bei mir nur bei POP3-Konten auf.
Vorab: TB macht automatisch eine Sitzungswiederherstellung, das heißt beim Start zeigt er automatisch den Tab im Fokus an, der am Ende der letzten Sitzung aktiv war. Wenn es der Mail-Tab ist, dann wird automatisch der Ordner fokussiert, der beim Beenden aktiv war.
Ich habe eben noch mal in verschiedenen Profilen mit der Version 115.10.1 getestet und kann nun deine obige Feststellung bestätigen. Ich habe das in einem Profil installierte Add-on "Start with Inbox" eigens dazu deaktiviert. Wenn ich in meinem POP Posteingang eine Nachricht markiere und TB neu starte, wird zwar wieder der Posteingang markiert, aber die neuesten Nachrichten werden nicht mehr am oberen (oder bei mir am unteren) Ende des Nachrichtenbereichs angezeigt. Man muss in der Tat ein bisschen scrollen, um die zuletzt herunter geladenen Mails zu sehen, auch wenn das nur s-Sekundenbruchteile in Anspruch nimmt.
Da ich normalerweise in meinen Profilen entweder das Add-on "Select Inbox 3.3" oder das neuere "Start with Inbox" benutze, ist mir keine Änderung aufgefallen.
Ich kann den Benutzern, deren Arbeitsfluss empfindlich gestört ist, als Übergangslösung (oder dauerhaft) zur Benutzung von Start with Inbox raten