So, Abschlussbericht:
Thunderbird neu installieren + absolut neues Konto anlegen hat zunächst auch nichts gebracht.
Ich hab dann rausgefunden, dass es wohl doch an der on-the-fly Verschlüsselung mit Boxcryptor gelegen hat. Anscheinend verträgt sich die aktuelle Version von Thunderbird nicht mehr mit Boxcryptor. Vllt hat auch Windows 10 was damit zu tun, ich weiß es nicht...
Jedenfalls wurde vorher prefs.js nicht mehr aktualisiert. Im Normalbetrieb von Thunderbird geschieht das sofort, nachdem irgendwelche Einstellungen in TB geändert wurden. Ich kann nur vermuten, dass es vllt etwas mit den längeren Datei-Zugriffszeiten zu tun hat. Das andere kleine Problem, dass sich die Konto-Einstellungen nicht auf "OK" beenden lassen (sondern nur auf Abbrechen) hing auch mit Boxcryptor zusammen (seltsame Fehler ^^)
Schade eigentlich, ich hätte meine Mails gerne weiter verschlüsselt (und zwar dateiweise, damit nicht bei jedem Backup ne mehrere 100 Mb große Datei neu kopiert werden muss). Naja, was nicht ist, ist halt nicht...
Gruß, Lumpi.