Der graue Rand unten im Fenster bedeutet normalerweise, dass du eine Erweiterung installiert hast, die Probleme bereitet. Mit etwas Glück stehen da auch noch ein paar rote Zeichen drin, aus denen man manchmal schließen kann, was nicht funktioniert.
Du solltest also die Erweiterungen, die du etwa zu dem Zeitpunkt, als das auftrat, installiert hast, deaktivieren, dann siehst du, wer der "Schuldige" ist..
Mit deinem Firefox-Problem kann ich nichts anfangen, kann mir aber auch nicht vorstellen, dass es am Thunderbird liegt, weil der meines Wissens keinen Einfluss auf die Fenstergröße hat, mit der ein Link geöffnet wird.
Mit 2-Monitorlösungen habe ich keine Erfahrung, halte es aber auch für unwahrscheinlich, dass es daran liegt - die setzen ja deutlich "weiter hinten" an.
Joke