IMAP bedeutet, dass TB den Server spiegelt. Es wird Dir also genau das angezeigt, was auf dem Server ist. ISt der nicht mehr da, passiert genau das, was Du erlebst: Nichts wird gespiegelt.
Ich würde aber "Nichts wird gespiegelt" und "Vorhandenes wird gelöscht nicht gleich setzen .
Sollte der IMAP-Server nicht erreichbar sein, ist es völlig normal, dass die lokalen Nachrichten bestehen bleiben. Sonst würde ja bei jeden kleinen Erreichbarkeitsproblem z.B. DSL-Ausfall kein Zugriff mehr auf die Emails bestehen.
Ich würde unter in Thunderbird bei "Lokale Ordner" einen Unterordner "Neu" anlegen und dann bei geschlossenen Thunderbird die Dateien vom bisherigen in den neuen Ordner kopieren:
Quelle: C:\Users\...\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\hbufhin3.default\ImapMail\imap...
Ziel: C:\Users\...\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\hbufhin3.default\Mail\Local Folders\Neu