Oder liege ich da komplett falsch?
Jedenfalls liegst Du mit Deinem Interpretationsversuch dezent schief.
Wenn immer erst komplette Dateien geladen und auch noch im Arbeitsspeicher vorgehalten werden müssten, wäre die Performance äußerst unbefriedigend und der heute übliche Arbeitsspeicher würde bei weitem nicht für die üblichen Arbeiten ausreichen.
Also öffnen Programme / Betriebssysteme i.d.R. so etwas wie einen Filestream und greifen auf die betreffende Stelle in der Datei direkt zu. Thunderbird nutzt dafür auch die Index-Dateien (die mit .msf). In denen ist nämlich u.a. der Offset für den Zugriff auf die richtige Stelle hinterlegt.
Das Löschen einer Mail markiert Thunderbird zunächst nur in der ansonsten unveränderten mbox-Datei. Deshalb geht das auch sehr schnell. Wirklich entfernt werden die Daten erst, wenn komprimiert wird.
Kopie einer Mail von hier nach da bedeutet ungefähr, der lesende Datenstrom holt sich genau den Abschnitt mit der Mail aus der einen mbox-Datei und fügt diesen herauskopierten Part an die andere mbox-Datei an. Anfügen heißt, der Filestream öffnet die Datei, springt ans Ende und schreibt etwas rein. Fertig.
Gruß
Sehvornix