Das sieht nach einer irgendwie gruppierten-Favoriten-Suchordner-Einstellung aus. Auf einem Testsystem habe ich jetzt die 141.0release. Das müsste auch die Version bei Dir werden oder sein, wenn Du aktualisiert hast. Falls noch nicht geschehen, am besten vor weiteren Überlegungen erst einmal das durchführen.
Jedenfalls kannst Du mal auf die vertikalen 3-Punkte gehen und prüfen, was da so angeboten wird und dann auch mal auf die horizontalen 3-Punkte rechts von dem blauen '+ Neue ...'-Button. Das würde vermutlich weiterhelfen, um Deine individuelle Konfiguration nachzuvollziehen.
Wenn ich hier testweise auf 'Gruppierte Ordner' umstelle, kommt zumindest das zum Vorschein, was ich in dem Screenshot rot markiert habe.
Außerdem sieht man in dem einen Screenshot einen kursiv dargestellten IMAP-Ordner, was in Thunderbird ein Indiz für ein Problem im IMAP-Getriebe ist. Das Problem kann auch serverseitig liegen und Thunderbird kommt deshalb nicht an die eigentliche Ordnerstruktur heran.
Gruß
Sehvornix