Hallo flora,
wenn auch das Löschen des Start-Cache, das Bastler noch angeregt hat, nicht zum Ziel führt, wäre meiner Meinung nach die Zeit für ein neues Profil gekommen.
Die Schleife über den Fehlerbehebungsmodus hat geklärt, dass nicht noch irgendwelche anderen Individualisierungen wie CSS-Code oder noch nicht genannte Add-ons oder User-Scripte für die Darstellungsfehler in Frage kommen.
Um auszuschließen, dass hier etwas ganz schräges am Wirken ist, würde ich einen kleinen Test mit einem neuen Profil und einem fix mal eingerichteten IMAP-Konto empfehlen. Dazu kann man via WIN + R und thunderbird.exe -p den Profilmanager öffnen, darin ein neues Profil erstellen und damit starten lassen. Jetzt sollten Ordner und Mails von diesem IMAP-Konto links und rechts in den Anzeigebereichen von Thunderbird zu sehen sein. Wenn nicht, bitte nicht mit der weiteren Beschreibung fortfahren, sondern erst mal hier Feedback liefern!
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Ich würde sonst sogar noch einen Schritt weitergehen und Tabula Rasa empfehlen: den Ordner %appdata%\Thunderbird an anderer Stelle als Kopie sichern, Thunderbird deinstallieren, besagten Ordner Thunderbird in appdata\roaming löschen, dito den Ordner Thunderbird in appdata\local.
Je nach Nutzung sollten ggf. vorher noch alle Termine und alle Kontakte vorsichtshalber exportiert werden. Termine auf jeden Fall, da deren Reintegration sonst problematisch ist.
Derart bereinigt dann mit einem Download der Thunderbird-Installationsdatei von hier aus dem Forum:
Thunderbird herunterladen - Thunderbird Mail DE
Thunderbird wieder installieren.
Das ganze kann ja gleich auf dem Windows 11-Zielgerät vonstattengehen. Wichtig ist ein sauberer Ausgangszustand mit einer unverbastelten Thunderbird-Installation und einem jungfräulichen Profil.
Darin die Konten neu einrichten und anschließend aus dem gesicherten Profil selektiv die Mailarchive reintegrieren. Dein oben beschriebener Versuch, die Ordner Mail und ImapMail in das neue Profil zu setzen, geht schon ungefähr in die Richtung. Nur erfolgte das bei Dir noch mit dem bisherigen Profil drumherum, in dem offenbar ein Fehler steckt.
Aber man kann diese beiden Ordner nicht einfach so wieder dahinkopieren, wenn die Konten neu eingerichtet wurden. Dann ist es erforderlich, die Inhalte von Mail und ImapMail passend in die neuen Ordner unterhalb von Mail und ImapMail zu kopieren. Bei der Einrichtung ist auch darauf zu achten, dass die Konten identisch mit jeweils IMAP und POP3 wie zuvor wieder eingerichtet werden.
Falls Du Dich für diesen Weg entscheiden willst, sollten wir aber zuvor auch noch mal einen Einblick in die jetzigen Ordner Mail und ImapMail bekommen (Screenshots, anonymisiert). Nicht das da noch irgendwelche Überraschungen lauern, von denen bisher nicht die Rede war.
Gruß
Sehvornix