Da es mich jetzt erst interessiert hat nehme ich an, dass die späte Antwort auch noch für andere interessant ist.
Hatte das gleiche Problem.
Man kann bei der Einrichtung des Google-Kontos in gContactSync auf der 2. Seite im Dialog wählen zwischen:
"Alle Gruppen und Kontakte" oder "Nur Kontakte (ohne Gruppen)" oder nur "Meine Kontakte" oder alle anderen Gruppen einzeln ...
Nimmt man die 2. oder 3. Option gibt es keine Unterordner.
Somit sind neu erstellte Kontakte auch automatisch im Ordner gespeichert, der synchronisiert wird.
Habe ich am Anfang auch übersehen, wenn man die Einrichtung das erste Mal macht und nicht weiß wozu die Optionen führen.
Thunderbird: 52.4.0 (32-bit)
gContactSync: 2.0.12