Meine Idee war eigentlich die, dass du den Filter nicht auf irgendwelche Unterordner loslässt sondern auf den Posteingang! Ich meine nämlich, dass Filter bei anderen Ordnern außer Posteingang uns Gesendet nicht automatisch bei Maileingang in diesen Ordner ausgeführt werden. Kann sein, dass ich mich irre, hab's nicht getestet.
Das Speichern der Schlagwörter auf dem IMAP-Server klappt bei mir schon immer.
Also, nochmal zum Testen bitte: neues Profil, keine Faxen wie Erweiterungen etc. , nur ein Konto einrichten. Auch keine anderen Filter oder sonstige Umsortierungen auf dem Server durchführen. Einfach alles beim Standard belassen.
Für den Test folgenden Filter für den Posteingang erstellen

Danach schickst du dir dann eine Mail mit einem Link im Inhalt an dieses Konto. In einer nicht veränderten Standardinstallation muss das funktionieren.
Im nächsten Schritt kann du dann weiter suchen, welche deiner "Spezialbehandlungen" dazu führt, dass der Filter nicht mehr funktioniert.